Анатолий Маркович - автор исследований российских школьных реформ, основатель ряда новых направлений, в том числе методологии и инструментария социокультурного анализа и проектирования развития образования в регионах России.
Анатолий Цирульников организовал десятки педагогических экспедиций в разных регионах страны, выступая одновременно в роли ученого-исследователя, журналиста, эксперта и консультанта для местных педагогов и управленцев. Материалы педагогических экспедиций 1990‑2000‑х годов послужили основой большой серии книг ученого, получившей обобщенное название «Неопознанная педагогика».
Свою докторскую диссертацию Анатолий Цирульников защитил на тему «Вариативность в организации сельской школы» и в начале 2000‑х, в момент общегосударственной кампании по реструктуризации сельских школ, возглавил редакцию газеты «Сельская школа со всех сторон». Им была создана газета для тех, кто не склонен рассматривать сельскую школу как ухудшенный вариант городской, видит ее достоинства и верит в ее будущее. В центре внимания газеты были «сценарии успеха» сельской школы и деревни, способы противодействия примитивизации и унификации культурного ландшафта страны, поддержки многообразия творческих усилий сельской интеллигенции, детей и молодежи.