Кроме того, обучение и исследовательская работа ведутся на базе ряда больниц и научных центров гражданского здравоохранения Москвы и Подмосковья. Представляем основные клинические базы вуза.

ГЛАВНЫЙ военный клинический госпиталь им. академика Н.Н. Бурденко - первое в России государственное лечебное и учебное медицинское учреждение, создано по указу Петра I от 25 мая 1706 г. Здесь берет начало больничное и военно-госпитальное дело, заложены основы медицинского образования и подготовлены первые русские врачи, зарождалась и развивалась отечественная медицинская наука. Госпиталь участвовал в ликвидации эпидемий, лечил больных и раненых во многих войнах. В нем учились и работали выдающиеся ученые.

Ныне это мощное, технически оснащенное многопрофильное лечебное учреждение. В нем более 70 специализированных отделений, ряд лечебно-диагностических центров, трудится более 70 докторов и кандидатов наук, ежегодно лечится более 18 тысяч больных, проводится более 6 тысяч операций.

Госпиталь является клинической базой 7 институтских кафедр - терапии, хирургии, пульмонологии, кардиологии, гастроэнтерологии, урологии, онкологии. Его сотрудники профессора В.М. Клюжев, В.Н. Ардашев, П.В. Ипатов, В.П. Тюрин, М.В. Лысенко, Е.Ф. Кривозубов, Н.А Михеев, В.К. Николенко и другие активно участвуют в педагогическом процессе на кафедрах института, а преподаватели вуза - в лечебно-диагностической работе госпиталя, подготовке его кадров.

3-Й ЦЕНТРАЛЬНЫЙ военный клинический госпиталь им. А.А. Вишневского - уникальное, многопрофильное военно-медицинское лечебное учреждение с высокопрофессиональным коллективом, оснащенное самой современной диагностической и лечебной аппаратурой. Коллектив госпиталя активно содействовал развертыванию и организации работы созданных в 1981 г. кафедр хирургии, терапии, других подразделений института. Весомый вклад в подготовку слушателей вуза вносят руководители госпиталя профессора Ю. В. Немытин, В. К. Зуев, И.А. Бровко и другие.

6-Й ЦЕНТРАЛЬНЫЙ военный клинический госпиталь Минобороны РФ занимает особое место в военной медицине как специализированное многопрофильное реабилитационное учреждение, предназначенное для восстановительного лечения, научно-методический центр медицинской службы Вооруженных Сил. Большое внимание в нем уделяется изучению практического опыта военно-медицинских учреждений, оказанию им помощи, разработке и внедрению в практику современных научно обоснованных методов восстановления здоровья раненых и больных.

Творческая обстановка, созданная в госпитале под руководством профессоров В. Н. Иванова, С. А. Белякина, способствует продуктивной работе институтской кафедры медицинской реабилитации и физических методов лечения.

29-Я ГОРОДСКАЯ клиническая больница «Утоли моя печали» создана в 1875 г. при основанной княгиней Н.Б. Шаховской в 1864 г. общине сестер милосердия, которая была названа в честь ее символа и покровительницы целительной иконы «Утоли моя печали». Годы войн не раз превращали больницу в госпиталь.

С 1968 г. больница стала клинической базой кафедр терапии и хирургии, впоследствии - военно-полевой (военно-морской) терапии и хирургии. За 35 лет сотрудничества в больнице на кафедрах института подготовлены тысячи военных терапевтов и хирургов. В этом велика заслуга бывших и нынешнего главных врачей больницы Л.А. Зацаринской, А. И. Выштынецкого, В.А. Соболева, Ю.Н. Саввина.