Причины авиакатастрофы  пока не установлены.  Французское агентство AFP распространило новость, что  ответственность за гибель российского пассажирского самолета взяла на себя террористическая организация «Исламское государство», однако Минтранс РФ заявил, что эту информацию нельзя считать достоверной. Также египетские власти официально опровергли слухи, что пилот разбившегося самолета обращался за помощью к авиадиспетчерам из-за технических проблем.
Разобраться в причинах трагедии предстоит госкомиссии в лице глав МЧС, Минтранса, Росавиации, а также представителям Следственного комитета, Межгосударственного авиационного комитета и ряда других ведомств, которые вылетели в Египет на место крушения. Найдены оба «черных ящика» самолета, идет расшифровка данных.