Институт математики и информатики был образован из факультетов математики и прикладной информатики в 2010 году. Со дня основания Института математики и информатики его директором был член-корреспондент РАО, доктор технических наук, профессор Сергей Григорьев. Математический факультет был организован одним из первых в Московском городском педагогическом университете 1 апреля 1995 года, через месяц после основания университета. На факультете были организованы две математические кафедры (алгебры и геометрии, математического анализа и методики преподавания математики), а некоторое время спустя была открыта кафедра информатики и прикладной математики, значительно позже была открыта кафедра информатизации образования, которая проводила занятия не только со студентами на математическом факультете, но и со студентами других структурных подразделений вуза.
В основу работы факультета была поставлена цель воспитать молодых, грамотных, разносторонне образованных учителей математики и информатики, которые должны были работать в первую очередь в школах Москвы. На математическом факультете активно занимались проблемой качества как школьного, так и высшего педагогического математического образования. Сотрудники кафедр факультета проводили научную работу в Федеральной предметной комиссии, в комиссии по организации, проведению и проверке работ. Результатом этого стали 37 учебно-методических пособий по подготовке к ЕГЭ для школьников и учителей, а также 5 электронных тренажеров-учебников. Со дня основания факультета его деканом была профессор, кандидат педагогических наук, лауреат Премии Президента РФ Татьяна Корешкова, а последний год существования факультета перед реорганизацией Института математики и информатики деканом был профессор, доктор педагогических наук Вадим Гриншкун. Особую роль в жизни факультета играл и продолжает играть Всероссийский семинар под руководством профессора А.Мордковича. Это уникальное явление в высшей педагогической школе, так как работает уже более 30 лет и собирает ведущих педагогов всей страны, ежегодно в нем принимают участие более 30 вузов России и ближнего зарубежья. Большую работу ведут кафедры информатики и прикладной математики и информатизации образования по проведению научно-практической конференции «Информационные технологии в образовании» (ИТО), проводимые в различных регионах страны и СНГ.
Факультет прикладной информатики появился на волне расширения университета в плане подготовки кадров по непедагогическим специальностям, остро востребованным в Москве. В 2006 году ректор МГПУ Виктор Рябов и ученый совет университета приняли решение о создании кафедры прикладной информатики в управлении (2006 год) и факультета прикладной информатики (2007 год). Первым заведующим кафедрой и руководителем отделения прикладной информатики (2006 год) был Владимир Офицеров. В 2007 году отделение прикладной информатики было преобразовано в факультет прикладной информатики. Первым деканом факультета стала Ирина Щелкина, которая руководила факультетом с 2007 по февраль 2009 года. Курирующим проректором факультета был профессор, доктор экономических наук Юрий Фролов. В это время происходило становление кафедры прикладной информатики в управлении, единственной кафедры факультета, поэтому история развития факультета была тесно связана с историей развития кафедры. Число сотрудников кафедры доходило до 40 человек, было много внешних совместителей, лучшие совместители переходили в штаты кафедры и факультета.
В марте 2008-го на кафедру пришел молодой профессор, доктор технических наук Владимир Дикарев, в феврале 2009 года он возглавил факультет и оставался деканом до вхождения факультета в Институт математики и информатики в 2010 году. Первый выпуск факультет прикладной информатики осуществил в 2010 году, на кафедре появились бакалавриат и магистратура по направлению «Прикладная информатика», а также аспирантура.
Институт естественных наук был образован в 2009 году из химико-биологического факультета, факультетов географии (открыт в 1996 году) и факультета безопасности жизнедеятельности (открыт в 1999 году). У истоков создания естественно-научного блока подготовки учителей в МГПУ по географии, биологии, химии, безопасности жизнедеятельности, экологии стояли доцент В.Дмитриева; профессор О.Шульгина; профессор В.Мапельман; профессор В.Котов; профессор А.Резанов; профессор С.Суматохин. Химико-биологический факультет был основан в 2002 году, и его деканом со дня основания был профессор Виталий Котов.
Четыре кафедры факультета готовили учителей по двум специальностям - биология и химия. На кафедре биологии животных и растений преподавали анатомию, морфологию и систематику растений, зоологию беспозвоночных и позвоночных животных, биогеографию, теорию эволюции, экологию. Научные исследования были ориентированы на изучение проблем орнитологии и энтомологии, а специализацией кафедры стал биомониторинг орнито- и энтомофауны нашей страны. На кафедре методики преподавания биологии и общей биологии преподавали цитологию, гистологию, микробиологию, физиологию растений, биологическую химию и молекулярную биологию, анатомию и физиологию человека и животных, генетику, методику преподавания биологии. Научные исследования были связаны с разработкой проблем биотехнологии, с совершенствованием системы биологического образования в школах Москвы. Специализация кафедры - биологическая технология. На кафедре общей химии преподавали общую и неорганическую химию, неорганический синтез, экологию, химию окружающей среды, основы минералогии и кристаллографии, экологию Московского региона, аналитическую химию, прикладную химию, методику преподавания химии. Кафедра специализировалась на исследовании проблем школьного химического и экологического образования, а основная тематика научно-исследовательской работы - химия окружающей среды, исследование процессов переноса электрона в растворах комплексных соединений. На кафедре органической химии преподавали органическую химию с основами супромолекулярной химии, органический синтез, методику научно-исследовательской и самостоятельной работы, физическую химию, коллоидную химию.
На сегодняшний день Институт математики, информатики и естественных наук занимает три корпуса, которые имеют тематическую направленность. В корпусе, расположенном по адресу ул. Шереметьевская, д. 29, проводят занятия со студентами, которые осваивают профессии учителя математики и учителя информатики. При этом студент, приходящий на первый курс бакалавриата, имеет возможность продолжить свое обучение в магистратуре, затем в аспирантуре и докторантуре. На Шереметьевской улице располагаются кафедры высшей математики и методики преподавания математики (заведующий кафедрой - профессор В.Ведерников), информатики и прикладной математики (заведующий кафедрой - член-корреспондент РАО профессор С.Григорьев), информатизации образования (заведующий кафедрой - профессор В.Гриншкун). В корпусе, расположенном по адресу 2-й Тульский пер., д. 4, происходит обучение студентов по направлениям «Прикладная информатика», «Информационная безопасность» и «Бизнес-информатика» по программам бакалавриата, магистратуры и аспирантуры. Здесь расположены кафедры бизнес-информатики (заведующий кафедрой - профессор Ю.Фролов), прикладной информатики (заведующая кафедрой - профессор О.Ромашкова) и общеуниверситетская кафедра естественно-научных дисциплин (заведующий кафедрой - профессор В.Бубнов), преподаватели которой ведут занятия по математике, информатике и физике у студентов практически всех структурных подразделений вуза. В этом корпусе расположены компьютерные классы и физические лаборатории, в которых студенты выполняют лабораторные работы по физике. В корпусе, расположенном по адресу ул. Чечулина, д. 1, существуют разные направления подготовки в области педагогического образования: в бакалавриате - по биологии и иностранному языку, биологии и информатике, естествознанию и биологии, географии и иностранному языку, географии и истории, безопасности жизнедеятельности; в магистратуре - по профилям «Инновации в биологическом и экологическом образовании», «Образовательный туризм», «Образование в области безопасности жизнедеятельности», идет подготовка бакалавров туризма и химии по направлению классического университета, открыта аспирантура по специальностям «экономическая, социальная, политическая и рекреационная география», «химия элементоорганических соединений», «теория и методика обучения и воспитания (география, биология)». В настоящее время в этом корпусе работают четыре специализированные кафедры: биологии, экологии и методики обучения биологии (возглавляет почетный работник общего образования РФ С.Суматохин); географии (возглавляет почетный работник высшего профессионального образования РФ О.Шульгина); безопасности жизнедеятельности (возглавляет почетный работник высшего профессионального образования РФ В.Мапельман); химии (возглавляет почетный работник высшего профессионального образования РФ В.Котов). Сегодня корпус на улице Чечулина представляет собой научно-методический и учебный комплекс, имеющий современную учебную и учебно-исследовательскую базу, большую библиотеку, компьютерные и мультимедийные классы, актовый и спортивный залы. Учебный процесс обеспечен здесь всеми необходимыми приборами, оборудованием, профессиональными компактными цифровыми метеостанциями, GPS, современными картографическими материалами, приборами экспресс-анализа, интерактивными досками, документ-камерами.
В институте действует диссертационный совет, в котором происходят защиты диссертаций по специальности 13.00.02 «теория и методика обучения и воспитания» по направлениям: математика, информатика и информатизация образования. Уже немало сотрудников института - выпускники МГПУ, при этом все они защитили диссертации кандидата педагогических наук в этом совете. Внушительное количество сотрудников вуза защитили в этом совете диссертации на соискание степени доктора наук. Многие сотрудники института - авторы школьных учебников по математике, информатике, биологии, экологии, естествознанию, химии, безопасности жизнедеятельности, учебных и учебно-методических пособий, монографий, статей в различных научных журналах.
За рубежом знают о Московском городском педагогическом университете как о месте проведения серьезных научных исследований в области координационной и элементоорганической химии; систематики, экологии и поведения животных, а также в области фитоценологических исследований. Благодаря нашим географам в институте развиваются традиции проведения фестивалей науки, научных семинаров и круглых столов по самым актуальным проблемам; итоговых конференций по результатам полевых практик. Благодаря кафедре безопасности жизнедеятельности институт стал единственным в Москве и одним из четырех в стране, выпускающим преподавателей со специализацией по безопасности жизнедеятельности. Во всех школах России занятия по этому предмету идут по учебникам, написанным нашими преподавателями. Они ежегодно проводят Всероссийскую олимпиаду по безопасности жизнедеятельности и входят в состав экспертной комиссии Всероссийского добровольного пожарного общества по работе со школьниками.
Одно из важнейших направлений деятельности института - взаимосвязь и сотрудничество с общеобразовательными учебными заведениями Москвы. Преподаватели факультета проводят мастер-классы для школьников, читают лекции на курсах повышения квалификации для учителей, организуют встречи, тренинги, семинары, конференции с учителями из различных округов. Студенты ведут разнообразные кружки в школах Москвы.
Институт взаимодействует с естественно-научными факультетами многих вузов нашей страны, развивает сотрудничество с исследовательскими учреждениями, среди которых Институт проблем экологии РАН, Институт географии РАН, ботанические сады РАН и МГУ, Институт органической химии РАН, Институт неорганической химии РАН, Научно-исследовательский физико-химический институт, Зоологический, Дарвиновский музеи, Биологический музей им. К.А.Тимирязева, Московский зоопарк, многие заповедники и национальные парки России, музей космонавтики.
В Институте действуют студенческий совет и научное студенческое общество. Новые творческие идеи и материалы исследований, проводимых студентами, широко обсуждают на ежегодных студенческих конференциях. Лучшие студенческие работы публикуют в научных сборниках и журналах, в том числе и зарубежных.
Можно уверенно сказать, что деятельность института направлена на подготовку современных, всесторонне развитых, высококвалифицированных учителей и специалистов, готовых к педагогическому творчеству и конкурентоспособных на рынке труда.