Малая школьная академия, развитие которой стало одним из успешных проектов вуза, создана в 2012 году. До этого три года в пединституте действовали 5 учебно-исследовательских школ: физико-математическая школа «Квант», биолого-химическая школа «Биосфера», школа филолога «Логос», историко-обществоведческая школа «Гуманитарий», школа иностранных языков «Языковая мозаика». Они и стали основой для создания школьной академии.
Академия предлагает школьникам углубленную подготовку по всем предметам, что в дальнейшем помогает им в учебе, при подготовке к олимпиадам и сдаче ЕГЭ, при проведении исследовательских проектов. Родители и учителя отмечают, что дети просто становятся более грамотными, эрудированными.
Школьников привлекают программы, направленные на формирование экспериментальных и исследовательских навыков. Такие программы реализуются в первую очередь по биологии, химии, физике. Так, школьники лицея №31 Саранска на базе лаборатории молекулярной биологии в течение двух лет углубленно изучают генетику и молекулярную биологию, исследуют влияние тяжелых металлов и УФ-излучения на частоту   генетических мутаций.
В академии практикуется индивидуальный подход к каждому ученику. Преподаватели работают с группами по 4-6 человек. Ребята не стесняются задавать уточняющие вопросы, попросить повторить что-то. Каждый ученик после прослушивания теоретического материала получает персональное задание, а после его выполнения разбирает свои ошибки вместе с преподавателем.
Малая школьная академия стала столь популярна, что школьники и их родители уже с января подают заявки на весенние каникулы. В этом учебном году впервые была проведена и осенняя сессия. Тот, кто приезжал в институт осенью, весной привез и своих одноклассников. К тому же  победители и призеры открытой олимпиады школьников, которая проходила в вузе, обучение на курсах по подготовке к ЕГЭ по решению ректората проходили бесплатно.
На время каникул школьники вкусили, так сказать, студенческой жизни: они жили в общежитии пединститута, занимались в вузовских аудиториях, питались в студенческой столовой. Школьники увидели современные лаборатории, обновленные спортивные и концертные залы.
На занятиях преподаватели делали основной акцент на решение заданий ЕГЭ повышенного и высокого уровня сложности, алгоритмы написания сочинений-рассуждений, эссе.
А студенты постарались, чтобы свободное от учебы время было наполнено яркими, запоминающимися мероприятиями. Для школьников были организованы автобусные экскурсии по Саранску, состязания по волейболу и футболу, игры «Что? Где? Когда?», интересные встречи в студенческом кафе «Джем».
Если городские слушатели академии занимаются на базе пединститута 1-2 раза в неделю, то для сельских такие сессии - редкая возможность побывать в вузе. Однако заниматься с преподавателями они могут в течение всего года, работники Малой школьной академии проводят занятия с выездом  в районы республики.
И похоже, что скоро обучаться в Малой академии будут с детсадовского возраста. По крайней мере школа иностранных языков «Языковая мозаика» уже принимает первоклашек.