Школа была основана в 1939 году как мужская средняя школа, с 1955 года началось совместное обучение мальчиков и девочек. Первым директором школы был Павел Баранов, занимавшийся созданием школьного уклада и традиций в течение 24 лет. Школа жила жизнью страны. Многие первые выпускники школы погибли на фронтах Великой Отечественной войны. Первый год войны вместо учебы школьники работали на разгрузке товарных вагонов. С 1942 года школа работала в штатном режиме, хотя отапливалась углем и дровами слабо - ученики сидели за партами в валенках и пальто.
Один из самых ярких моментов в жизни школы - дружба с исследователями Антарктиды, создателями первой внутриконтинентальной станции «Пионерская». Интересна история о том, как пионеры 661-й школы провожали исследователей в экспедицию, а знамя ее пионерской дружины побывало в Антарктиде на станции «Пионерская».
А сколько интересных выпускников и талантливых учителей училось и работало в 661-й школе! Это и ученые, и писатели, и актеры, и певцы, и замечательные специалисты совершенно разных профессий. Среди них писатель, драматург и сценарист, заслуженный деятель искусств РФ А.Курляндский, физик-теоретик, поэт, изобретатель Б.Шапиро, физик-теоретик А.Мигдал, заслуженный артист России В.Сюткин, заслуженная артистка РСФСР А.Каменкова и многие-многие другие. Один только учитель физики П.Пашков выпустил более 70 кандидатов, докторов наук и академиков, среди которых: Е.Кац, В. Катаев, Н.Острогский.
Коллектив современной 661-й школы бережно относится к своему прошлому, стремится узнать больше о этапах ее развития и призывает выпускников помочь в этом деле.