Основными принципами формирования перечня были:  
- соотнесение результатов работы общеобразовательных организаций с основными задачами системы образования - предоставление обучающимся возможности получения качественного образования и развития их таланта;
- учет объективных (независимых) от общеобразовательных организаций инструментов измерения уровня подготовки выпускников;
- прозрачность, открытость методики формирования перечня общеобразовательных организаций;
- сбалансированность критериев формирования перечня общеобразовательных организаций с использованием математического моделирования;
- учет возможностей общеобразовательных организаций за счет введения номинаций.
При формировании перечня организаторы учитывали  объективные (независимые) от общеобразовательных организаций параметры измерения уровня подготовки выпускников - результаты единого государственного экзамена (ЕГЭ), регионального и заключительного этапов Всероссийской олимпиады школьников.
За каждого учащегося, сдавшего в 2013 году ЕГЭ и набравшего по каким-либо трем общеобразовательным предметам:
- не менее 220 баллов,  начисляли 1 балл;
- от 190 до 219 баллов, начисляли  0,5 балла.
При этом был проведен статистический анализ результатов сдачи ЕГЭ в 2011-2013 годах, приема в образовательные организации высшего профессионального образования 2012-2013 годов.
Для включения общеобразовательной организации в перечень  был установлен порог - наличие в общеобразовательной организации одного или более победителей или призеров заключительного этапа Всероссийской олимпиады школьников за последние три учебных года (2010-2011, 2011-2012, 2012-2013). Оценивая  школы по итогам регионального и заключительного этапов Всероссийской олимпиады школьников,  организаторы давали баллы каждому учащемуся по каждому предмету один раз в соответствии с максимально достигнутым результатом, успехи учащегося, ставшего победителем или призером по различным предметам, учитывали по каждому предмету отдельно:
- призер регионального этапа Всероссийской олимпиады школьников  получал 1 балл;
- победитель регионального этапа Всероссийской олимпиады школьников - 3 балла;
- призер заключительного этапа Всероссийской олимпиады школьников - 5 баллов;
- победитель заключительного этапа Всероссийской олимпиады школьников - 10 баллов.

Номинации перечня


    Номинация «Топ-25»: первые 25 общеобразовательных учреждений перечня, упорядоченные в соответствии с указанной выше методикой.
    Номинация «Топ-500»: первые 500 общеобразовательных учреждений, упорядоченные по региону (по алфавиту), внутри региона - по названию учреждения (по алфавиту).

1. «Лицей №1535» Центрального округа Москвы - Москва. Директор - Татьяна Воробьева.

2. Специализированный учебно-научный центр (факультет) - школа-интернат имени А.Н.Колмогорова  Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова - Западный округ Москвы, Москва. Директор - Юрий Николаев.

3. Физико-математический лицей №239 Центрального района Санкт-Петербурга, Санкт-Петербург.
4. Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Уральский федеральный университет имени первого Президента России Б.Н.Ельцина»  - Кировский район Екатеринбурга, Свердловская область.
5. Специализированный учебно-научный центр НГУ - Советский район  Новосибирска, Новосибирская область.
6. Государственное бюджетное нетиповое общеобразовательное учреждение  Республики Мордовия «Республиканский лицей - Центр для одаренных детей» - Ленинский район Саранска, Республика Мордовия.
7. Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Брянский городской лицей №1 им. А.С.Пушкина» - Брянск,  Брянская область.

8. Обособленное структурное подразделение МИОО «Средняя общеобразовательная школа №179 Московского института открытого  образования»  - Центральный  округ Москвы, Москва. Директор - Павел Якушкин.

9. Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение  «Лицей №14 имени заслуженного учителя Российской Федерации А.М.Кузьмина» - Тамбов,  Тамбовская область.
10. Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Гимназия №9» - Верх-Исетский район Екатеринбурга, Свердловская область.
11. Муниципальное бюджетное общеобразовательное  учреждение Новосибирска «Гимназия №1»  - Центральный район Новосибирска, Новосибирская область.
12. Центр образования  №57 «Пятьдесят седьмая школа»  - Центральный округ Москвы, Москва. Директор - Сергей Менделевич.

13. Лицей №1502 при МЭИ -  Восточный округ Москвы, Москва. Директор - Владимир Чудов.


14. Московская гимназия «На Юго-Западе №1543» - Западный округ Москвы,  Москва. Директор - Юрий Завельский.

15. Вологодский многопрофильный лицей - Вологда, городской округ, Вологодская область
16. Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Лицей №31»  - Центральный район Челябинского городского округа, Челябинская область.
17. Кировское областное государственное общеобразовательное автономное учреждение «Кировский экономико-правовой лицей» - Киров, Кировская область.
18. Гимназия №56 -  Петроградский район Санкт-Петербурга, Санкт-Петербург.
19. Бюджетное общеобразовательное учреждение города Омска «Гимназия №117»  - Советский округ Омска, Омская область
20. Тюменский государственный университет (гимназия)  - Тюмень, Тюменская область.

21. Лицей «Вторая школа»  - Юго-Западный округ Москвы, Москва. Директор - Владимир Овчинников.

22. Лицей-интернат «Центр одаренных детей» - Сормовский район Нижнего Новгорода, Нижегородская область.
23. Лицей при ТПУ  - Томск, Томская область.
24. Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение «Лицей им. Н.И.Лобачевского при Казанском (Приволжском) федеральном университете» - Вахитовский район, Республика Татарстан.
25. Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение «Лицей №3» муниципального образования Чебоксары, Чувашская Республика.

Лучшие школы России в Москве

Лицей №1535.
Специализированный учебно-научный центр (факультет) - школа-интернат имени А.Н.Колмогорова  Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова.
Обособленное структурное подразделение  МИОО «Средняя общеобразовательная школа №179 Московского института открытого  образования». 
Центр образования  №57.
Лицей №1502 при МЭИ (ВАО). 
Московская гимназия на Юго-Западе №1543 (ЗАО).
Лицей «Вторая школа».   
Гимназия №1514 (ЮЗАО). 
Школа с углубленным изучением иностранного языка №1253 (ЦАО).
Центр образования №548 «Царицыно» (ЮАО).
Центр образования №654 имени А.Д.Фридмана (ЮВАО).
Центр образования №218 (САО).
Школа-интернат «Интеллектуал» (ЗАО).
Лицей №1303 (ЮВАО).
Гимназия №1529 им. А.С.Грибоедова (ЦАО).
Лицей №1568 (СВАО).
Лицей №1557 (Зеленоград).
Гимназия №1567 (ЗАО).
Лингвистический лицей №1555 (ЦАО).
Лицей №1511 при Национальном исследовательском ядерном университете МИФИ (ЮАО).
Лицей №1523 (ЮАО).
Лицей №1546 «Плехановец» (ЦАО).
Гимназия №1518 (СВАО).
Гимназия №1576 (САО).
Лицей №1547 (ЮВАО).
Гимназия №1534 (ЮЗАО).
Школа №26 (ЮЗАО).
Лицей №1581 (ЦАО).
Лицей №1533 (информационных технологий) (ЮЗАО).
Школа с углубленным изучением английского языка №1944 (СЗАО).
Школа с углубленным изучением физики и математики №2007 (ЮЗАО).
Школа с углубленным изучением математики, информатики, физики №444 (ВАО).
Многопрофильный технический  лицей №1501 (ЦАО).
 Центр образования №109 (ЮЗАО).
Гимназия №1530 «Школа Ломоносова» (ВАО).
Лицей №1574 (ЦАО).
Центр образования №2006 (ЮЗАО).
Гимназия №1562 имени Артема Боровика (ЮВАО).
Школа №1223 с углубленным изучением английского языка (САО).
Школа с углубленным изучением французского языка №1251 имени генерала Шарля де Голля (САО).
Центр образования №354 имени Д.М.Карбышева (ЦАО).
Школа с углубленным изучением французского языка №1286 (СЗАО).
Лицей №1575 (САО).
Лицей №1158 (ЮАО).
Гимназия №1552 (ЮАО).
Школа №853 (Зеленоград).
Пушкинский лицей №1500 (ЦАО).
Гимназия №1527 (ЮАО).
Школа №1189 имени И.В.Курчатова (СЗАО).
Лицей №1525 «Воробьевы горы» (ЮЗАО).
Гимназия №1513 «Московская городская лингвистическая гимназия» (ЦАО).
Лицей №1553 «Лицей на Донской» (ЮАО).
Школа  с углубленным изучением английского языка №1338 (САО).
Гимназия №1542 (ЗАО).
Школа с углубленным изучением английского языка №1287 (САО).
Школа с углубленным изучением английского языка №1250 (САО).
Школа №25 (ЮЗАО).
Школа №962 (СВАО).
Школа №315 (ЦАО).
Гимназия №1522 (СЗАО).
Гимназия  №1358 (СЗАО).
Гимназия №1582 (ЮАО).
Гимназия №1551 (СЗАО).
Школа с углубленным изучением иностранных языков №1900 (СЗАО).
Центр образования №1329 (ЗАО).
Гимназия №1538 (СЗАО).
Школа №192 (ЮЗАО).
Школа с углубленным изучением английского языка №1270 (ЦАО).
Центр образования №1239 (ЦАО).
Школа №1252 с углубленным изучением испанского языка им. Сервантеса (САО).
Государственная столичная гимназия Департамента образования (СВАО).
Гимназия №1569 «Созвездие» (ЮАО).
Центр образования №1811 «Измайлово» (ВАО).
Гимназия №1554 (СВАО).
Школа №641 имени С.Есенина (ЮВАО).
Лицей №1524 (ЮВАО).
Московский кадетский корпус  «Пансион воспитанниц Министерства обороны Российской Федерации» (САО).
Лицей №1571 (СЗАО).
Школа с углубленным изучением английского языка №1279 (ЮЗАО).
Школа №171 (ЦАО).
Центр образования №204 имени А.М.Горького (ЦАО).
НОУ  гимназия «Московская экономическая школа» (ЦАО).
Центр образования №1479 (ЦАО).
Школа №228 (ЦАО).
Гимназия  №1272 (ЮАО).
Центр образования №345 (ЦАО).
Гимназия №1257 (ЮАО).
Школа с углубленным изучением английского языка №1416 (СВАО).
Школа с углубленным изучением информатики и английского языка №1307 (ЗАО).