Вообще Счетная палата проверяла не только МЭИ, в поле зрения аудиторов попали  также РГГУ,  РУДН, МГТУ «Станкин», Академия водного транспорта и  Кабардино-Балкарский госуниверситет им. Х.М.Бербекова. У каждого из проверяемых вузов история в ходе проверки сложилась по-своему. Самый опытный ректор - ректор РУДН Владимир Филиппов - уволил несколько руководителей  университетской системы дополнительного образования, после чего никаких финансовых нарушений в РУДН аудиторы не обнаружили, более того, отметили этот вуз как один из наиболее  эффективных в области финансово-экономической деятельности. По словам аудитора Сергея Агапцова,  проверки показали не только высокий уровень целевого расходования бюджетных средств и в РУДН, и в Кабардино-Балкарском госуниверситете, но и высокий уровень эффективности работы этих вузов. В частности, при общем годовом бюджете в 5 миллиардов рублей в 2011 году  РУДН получил от государства только 1,6 миллиарда рублей (что интересно, из бюджетных 1,6 млрд рублей РУДН заплатил  налоги   в  размере 1,1 млрд рублей),  то есть более чем на две трети обеспечивал свою деятельность за счет привлекаемых внебюджетных источников дохода.
Что касается остальных  проверенных вузов, то к ним у аудиторов возникли серьезные вопросы, так как  там были обнаружены  такие типичные нарушения законодательства (в том числе в части использования средств федерального бюджета, внебюджетных источников и федерального имущества), что, по мнению проверяющих, теперь требуется вмешательство правоохранительных органов. Счетная палата уже направила обращения о  новых проверках  вузов в Генпрокуратуру и Следственный комитет.
Как рассказывает Сергей Агапцов,  в РГГУ и МЭИ было обнаружено серьезное  нецелевое использование средств, выделенных в рамках  дополнительного бюджетного финансирования: в РГГУ - на  156,2 миллиона рублей, в МЭИ  -  на 34,7 миллиона рублей. Причем значительная часть средств, подлежащих расходованию на содержание и развитие материально-технической базы, была использована руководством вузов на выплату заработной платы административно-управленческому персоналу. Заинтересовались аудиторы и университетскими общежитиями: в условиях необеспеченности студентов местами в общежитиях и недостатка площадей  они зафиксировали случаи предоставления мест сторонним лицам,  причем  как физическим, так и юридическим.  Кроме того, проверяющие  выявили нарушения в части сдачи в аренду федерального имущества, в результате  был причинен  ущерб  самим вузам в размере неполученных сумм арендной платы за пользование федеральным имуществом. Аудиторы зафиксировали, что вузовские помещения использовали посторонние организации без оформления договоров и внесения официальной арендной платы за них. Их собственник - государство, но никаких договоров аренды  вузы не заключали. Из-за нарушений, допущенных руководством МЭИ, сумма ущерба составила 18,5 миллиона рублей. Ректор РГГУ, как считают аудиторы, также превысил полномочия в  части распоряжения имуществом, закрепленным за университетом, при принятии решений о безвозмездном предоставлении гостевых номеров квартирного типа, созданных по распоряжению ректора в жилой части здания,  тут  ущерб составил 10,6 млн рублей. В  Академии водного транспорта были выявлены случаи неоднократного предоставления учебных судов сторонним организациям и физическим лицам без заключения договоров и оплаты. Отдельной строкой в документе о проверке было упомянуто закрепленное за вузами имущество - учебные корпуса, научные здания, общежития. По мнению Счетной палаты, часть зданий и помещений вузы использовали не по назначению, то есть не в образовательной, научной или хозяйственной деятельности.
По данным аудиторов Счетной палаты, неэффективно расходовали вузы  и  средства, выделенные в рамках постановлений Правительства РФ «О государственной поддержке развития инновационной инфраструктуры в федеральных образовательных учреждениях высшего профессионального образования» и «О мерах государственной поддержки развития кооперации российских высших учебных заведений и организаций, реализующих комплексные проекты по созданию высокотехнологичного производства». МГТУ «Станкин», по мнению проверяющих, неэффективно использовал 120 млн рублей, полученных в рамках государственной поддержки от предприятия,  потратив их на закупку спецоборудования для проведения НИОКР, оплату работ организации-соисполнителя и выплаты стимулирующего характера сотрудникам вуза. После этого дальнейшее проведение работ по проекту  вузом почему-то было признано нецелесообразным (без указания причин), и  все договоры, заключенные в рамках проекта, были расторгнуты.
В марте 2013 года руководитель Счетной палаты РФ Сергей Степашин отчитался о работе ведомства перед Государственной Думой РФ. В его докладе была названа сумма потерь из-за нецелевого использования бюджетных средств - сотни миллиардов рублей, среди них и нецелевые миллионы  рублей российских вузов. Сергей Вадимович отметил, что, несмотря на принимаемые меры по совершенствованию бюджетного процесса,  есть проблемы системного характера - это недостаточно высокое качество управления государственными финансами, незадействованные резервы роста доходного потенциала, повышения эффективности расходов, а также неравномерность исполнения бюджета в течение года и крайне низкий уровень исполнения некоторых  ФЦП.
Весь вопрос в том, что делать дальше. Судя по всему, увольнение Сергея Серебрянникова - первый пример кардинального решения кадровых вопросов в системе высшего образования. Но  теперь уже бывший ректор МЭИ отнюдь не худший  руководитель, при нем университет стал научно-исследовательским, блестяще занимался учебной и научной работой, развивал школы, работающие по профильным программам, направленным на подготовку кадров для энергетики. Сказать, что у Серебрянникова были исключительно корыстные материальные интересы, нельзя. Скорее всего в этом и в других случаях речь идет о недостаточной компетентности в области менеджмента и экономики. Конечно, ректор несет ответственность за все, но у него ведь есть и заместители, и руководители структур, которые должны заниматься экономикой, финансами, следовательно, нести ответственность за содеянное и  за все нарушения. Не скрою, мне жаль уволенного ректора МЭИ - выдающегося ученого и организатора, мне будет жаль и ректоров РГГУ, Станкина,  судьба которых вполне может  сложиться так же, как и Серебрянникова.
Счетная палата не стала ждать обнаружения новых нарушений в вузах, в прошлом году Сергей Степашин подписал распоряжение о создании  экспертно-консультативной группы Счетной палаты по проблемам образования, которую возглавил аудитор Сергей Агапцов. Эта группа  на постоянной основе теперь будет заниматься  не только проверками  эффективности расходования средств бюджетными организациями,  но и оценкой эффективности решений министерств и ведомств, принимаемых в рамках  их бюджетной политики. Почему нужна такая комиссия, Сергей Агапцов объясняет так: с одной стороны, бюджетные организации, в том числе образовательные, за последние годы навели  более существенный порядок в целевом использовании бюджетных средств, чем  это было лет 5-10 назад, с другой стороны, за последние 5-7 лет произошел резкий рост выделения средств на образование. Значительный потенциал развития образования, повышения его качества  сегодня кроется именно в повышении эффективности расходования увеличенных объемов финансирования, в принятии эффективных решений на всех уровнях - от министерств до учреждений. Агапцов считает, что  при проверках комиссиям Счетной палаты относительно несложно классифицировать характер целевого или нецелевого расходования бюджетных средств на основе существующей нормативно-правовой базы, хотя и здесь есть проблемы, возникающие из-за неполноты нашего молодого российского законодательства или из-за несовершенства нормативной базы в какой-либо бюджетной сфере. Оценка эффективности или неэффективности направления и использования бюджетных средств значительно более сложная задача,  решать ее лучше с привлечением опытных специалистов-экспертов, профессионалов сферы образования. Поэтому в экспертно-консультативную группу вошли представители регионов, работающие или  работавшие министрами образования, вице-премьерами региональных правительств Москвы, Новгородской, Псковской, Тамбовской областей, Ханты-Мансийского автономного округа, специалисты в сфере образования, которые признаны на федеральном уровне,  - руководители Минобразования РФ, Рособрнадзора, руководители вузов и НИИ, общероссийских ассоциаций в сфере образования, а также  практики - финансисты и экономисты, специалисты - исследователи по экономике сферы образования. По мнению Агапцова,  такой  потенциал экспертно-консультативной группы позволит анализировать эффективность бюджетных решений на всех уровнях и по многим направлениям -  от решений федерального уровня до расходования средств, например, на инклюзивное образование или на федеральные университеты, школы-интернаты.  Иными словами, нынче  есть надежда, что с проверками на высшем уровне все будет нормально. Но если бы только от этого зависело  исключительно целевое и эффективное расходование бюджетных и внебюджетных средств, в вузах было бы все сверхнормально.  Однако, к сожалению,  при сегодняшнем уровне подготовки ректоров к финансово-хозяйственной  и экономической деятельности надеяться на  изменение ситуации к лучшему трудно. Не случайно на коллегии Счетной палаты возник вопрос об обучении ректоров, проректоров, руководителей вузовских финансово-экономических блоков, научных и инновационных подразделений. Тут Владимир Филиппов сделал предложение об организации для  вузовских специалистов курсов и программ дополнительного образования, которое было одобрено Сергеем Степашиным. Хотя, честно говоря, по масштабу нынешней экономической  и управленческой деятельности высших учебных заведений речь должна идти не о курсах, а магистерских программах для ректоров в  таких ведущих вузах, как Высшая школа экономики, Финансовый университет при Правительстве РФ, Академия народного хозяйства, Государственный университет  управления. К слову,  такой опыт, правда, для директоров школ уже есть в Москве. Когда в столичной системе образования была введена новая система финансирования и вместе с ней в школы пришли значительные  средства из городского бюджета, стало понятно: правильно и точно выполнять положения 83-ФЗ, 94-ФЗ и других российских законов управленцам чрезвычайно трудно без соответствующих знаний. Ведь совсем не случайно ректор РУДН Владимир Филиппов, работавший несколько лет министром образования РФ и хорошо знающий законодательство и экономику,   столь эффективно управляет своим вузом. Правительство Москвы по предложению Департамента образования и его руководителя Исаака Калины  сумело направить на учебу  по магистерским программам в ведущие экономические вузы столицы 300 директоров школ и  десятки директоров столичных колледжей, сегодня идет защита их выпускных работ, и заметно, как повысился уровень подготовки управленцев и в экономической, и в менеджерской сферах. Так, может быть, и Министерству образования и науки РФ стоит не разбазаривать ценный ректорский кадровый состав, а подумать о его подготовке и переподготовке, ведь руководители вузов, как правило, видные ученые и организаторы науки, которые науке управления учатся в процессе самого  процесса управления. Сегодня понятно, что этого мало, судьба теперь уже бывшего ректора МЭИ Сергея Серебрянникова тому подтверждение.