Учителем быть она не собиралась. Проучившись до войны на курсах секретарей-стенографистов, в годы Великой Отечественной работала в штабе ПВО, в военной прокуратуре. В пединститут решила поступать, просто чтобы освоить иностранный язык для работы секретарем. Не прошла по конкурсу и тут по радио услышала, что объявляется набор в педагогический класс 349‑й московской экспериментальной школы. Обучение в нем было приравнено к педучилищу, занятия вели блестящие преподаватели, и уже через год, в 1946-1947 учебном году, Софья Николаевна стала работать в школе. «Профессия меня сама нашла», - говорила она.
Лысенкова была уверена, что все дети должны учиться вместе: «Я против отбора, разделения на одаренных и всех остальных. Боль за этих «остальных» и заставила Софью Николаевну задуматься, как изменить методику, чтобы значительно опережать программу, увеличив тем самым время для слабых учеников. В первом классе она работает с детьми по программе второго, в третьем - по программе пятого... И все это легко, без перенапряжения, будто играючи. Хотя никаких специальных игровых моментов в ее методике нет. Софья Николаевна догадалась ввести в школу будущее. На каждом уроке она, кроме прошлого и сегодняшнего материала, небольшими порциями давала труднейший материал, который по программе дети будут проходить через 10, 30 или 50 уроков. «Отстающих в классе Лысенковой не может быть, как говорится, по определению», - писал Симон Львович Соловейчик в журнале «Новое время», объясняя суть ее педагогического открытия.
Уже в 70-80‑е годы она была известна не только в Москве, но и в Союзе. Софья Николаевна объездила всю страну от края до края, всюду приобретая множество последователей. Ее идеи вошли в знаменитую педагогику сотрудничества.
В 1981 году она получила звание заслуженного учителя РСФСР, в 1990‑м - народного, а в 1999‑м была удостоена высшей отраслевой награды Министерства общего и профессионального образования РФ - медали К.Д.Ушинского.
Софье Николаевне было 88 лет. Мы знаем, что даже в последние годы она продолжала работать в школе и делиться опытом с молодыми коллегами. Школа и дети были ее призванием, ее судьбой. Коллектив газеты приносит искренние соболезнования родным и близким Софьи Николаевны.