Ректор СГМУ был задержан с поличным в апреле 2009 года. Всего же, по данным следствия, в течение 11 лет Сидоров получил 197 взяток от восьми человек на общую сумму более 6 миллионов рублей. Деньги взимались «за благоприятное влияние на результаты конкурсов на право заключения договоров аренды помещений университета и выполнение работ».
В мае 2011 года суд отстранил Сидорова от должности ректора СГМУ. Гособвинение настаивало на 13 годах «строгача», штрафе в размере 8 миллионов рублей и лишении государственных наград. Однако суд вынес гораздо более мягкий вердикт с учетом наличия у Сидорова тяжелого хронического заболевания. Ему назначено наказание в виде 7 лет 9 месяцев лишения свободы условно. Кроме того, мздоимца лишили двух государственных наград - ордена Почета и ордена «За заслуги перед Отечеством» IV степени, а также обязали уплатить 1 миллион рублей в качестве штрафа.
Из сумм, принадлежавших осужденному, на которые в период следствия был наложен арест, будут возвращены денежные средства в размере 920 и 480 тысяч рублей двум людям, которых Сидоров вынудил к передаче взяток. Оставшаяся часть арестованных денег по приговору суда подлежит конфискации в пользу государства.