Школа была открыта в 1961 году.  В 1965 году здесь начали действовать классы программистов, которые позднее были перепрофилированы в физико-математические классы.
Физико-математическое направление успешно действует и по сей день. Золотая когорта педагогов-математиков воспитала не одно поколение выпускников, которых с удовольствием зачисляют на бюджетные места в радиоакадемию и другие вузы страны.
Также в школе действует еще одно направление - гуманитарное. Эти классы предназначены для раскрытия гуманитарных талантов в детях. Все в нашем городе восхищаются талантом неоднократной победительницы литературного конкурса «Начало», стипендиата губернаторской премии Юлии Сериной.
У любимой всеми школы  счастливая судьба. Богат на победы и юбилейный, 50-й, учебный год: школа заняла первое место в областной военно-спортивной игре «Боевое братство».
...Где-то я прочла удивительную по своей правоте фразу: «Чтобы дать ученикам искорку знаний, учителю надо впитать целое море света». И вспомнила я эти слова, беседуя с директором школы Любовью Николаевной Волоховой. Любовь Николаевна - выпускница школы №39, окончила исторический факультет РГУ и вернулась сюда уже в новом качестве. Ее мама Нэла Александровна, литератор, у которой все дети пишут стихи, рассказы, эссэ, тоже работает в этой школе. Здесь благодаря хорошим традициям преемственности опыта сложились целые педагогические династии.

Рязань