Согласно принятым изменениям федеральный университет создается Правительством РФ на основании решения Президента России в форме автономного учреждения. Ректор университета будет назначаться российским кабинетом министров на срок до 5 лет. При этом в учебном заведении в обязательном порядке должен быть сформирован попечительский совет и предусмотрена должность президента.

Федеральным университетам предоставляется право реализации образовательных программ на основе собственных стандартов и требований. Минимальное значение баллов, полученных по результатам ЕГЭ, ниже которых абитуриент не сможет поступить в вуз, будет устанавливаться Министерством образования и науки.

Кроме того, внесены изменения в Федеральный закон «О науке и государственной научно-технической политике», которые касаются сотрудничества научных организаций с вузами.