Для содействия системной модернизации высшей школы и подготовки высококвалифицированных кадров, необходимых инновационной экономике, предусмотрено сформировать сеть федеральных университетов - вузов, «обеспечивающих высокий уровень образовательного процесса, исследовательских и технологических разработок». Порядок создания и деятельности таких учебных заведений, в том числе их организационно-правовая форма, будет прописан в специальном законе, проект которого в двухмесячный срок должно разработать Правительство РФ. Кроме того, президент поручил правительству рассмотреть вопрос о создании Дальневосточного и других федеральных университетов, а также предусмотреть необходимые средства для их финансирования при формировании проектов федерального бюджета на 2009-й и последующие годы.