Для организации и проведения ЕГЭ на федеральном уровне и в субъектах Российской Федерации ежегодно создаются экзаменационные, конфликтные и предметные комиссии. Государственная экзаменационная комиссия субъекта Российской Федерации (далее - ГЭК) создается уполномоченным органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющим управление в сфере образования, и включает в себя представителей органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющих управление в сфере образования, иных органов государственной власти субъекта Российской Федерации, органов местного самоуправления, совета ректоров вузов и совета директоров ссузов субъекта Российской Федерации, а также общеобразовательных учреждений, ссузов и вузов, расположенных на территории субъекта Российской Федерации. Персональный состав ГЭК утверждается Рособрнадзором по представлению уполномоченного органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего управление в сфере образования. В рамках организации и проведения ЕГЭ в субъекте Российской Федерации ГЭК организует и координирует работу по подготовке и проведению ЕГЭ на территории субъекта Российской Федерации; обеспечивает информирование участников ЕГЭ о порядке и сроках проведения ЕГЭ, а также о полученных ими результатах ЕГЭ через образовательные учреждения и органы местного самоуправления, осуществляющие полномочия в сфере образования; обеспечивает соблюдение установленного порядка проведения ЕГЭ на территории субъекта Российской Федерации, в том числе направляет в региональный центр обработки информации и пункты проведения ЕГЭ своих уполномоченных представителей; осуществляет иные функции в соответствии с положением о ГЭК. ГЭК создает предметные комиссии (комиссии по общеобразовательным предметам), а также, при необходимости, территориальные подкомиссии. Предметные комиссии создаются по каждому общеобразовательному предмету, по которому проводится ЕГЭ в субъекте Российской Федерации, для проверки ответов участников ЕГЭ на задания экзаменационной работы с развернутым ответом, а также задания устной части ЕГЭ по иностранным языкам, записанных на аудионосители.

Составы предметных комиссий утверждаются по представлению ГЭК распорядительным актом органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего управление в сфере образования, из числа лиц, прошедших соответствующую подготовку. В состав каждой комиссии рекомендуют включать представителей общеобразовательных учреждений и образовательных учреждений профессионального образования на паритетных началах. Требования к программам подготовки указанных лиц утверждаются Рособрнадзором.

Функции, полномочия, порядок и сроки работы предметных комиссий и территориальных подкомиссий устанавливаются органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющим управление в сфере образования, в положении о ГЭК или в положениях об этих комиссиях (подкомиссиях). Научно-методическое, организационное и технологическое обеспечение организации и проведения ЕГЭ на федеральном уровне осуществляется организациями, определяемыми в установленном законодательством Российской Федерации порядке.

Функции по организационному и технологическому обеспечению проведения ЕГЭ в субъекте Российской Федерации возлагаются органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющим управление в сфере образования, на специализированное государственное учреждение - региональный центр обработки информации, который осуществляет функции оператора баз данных субъекта Российской Федерации об участниках ЕГЭ и о результатах ЕГЭ, обработку экзаменационных работ участников ЕГЭ, а также технологическое и информационное взаимодействие с уполномоченной организацией в период проведения ЕГЭ.

Общеобразовательные учреждения, ссузы и вузы в рамках организации проведения ЕГЭ составляют списки участников ЕГЭ (при проведении государственной (итоговой) аттестации - общеобразовательные учреждения, при приеме в ссузы и вузы - соответственно ссузы и вузы) с указанием общеобразовательных предметов, сдаваемых ими в форме ЕГЭ; информируют участников ЕГЭ о сроках, месте и порядке проведения ЕГЭ, в том числе о порядке, месте и сроках подачи апелляций, а также о результатах ЕГЭ (информация также вывешивается на информационном стенде в образовательном учреждении, а также веб-сайте ссуза, вуза) в установленные сроки; делегируют своих работников в состав комиссий, создаваемых уполномоченными органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющими управление в сфере образования, для проведения ЕГЭ и в состав организаторов в пунктах проведения ЕГЭ; осуществляют в соответствии с организационно-территориальной схемой проведения ЕГЭ в субъекте Российской Федерации взаимодействие с РЦОИ, а также в случае необходимости с ГЭК, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющими управление в сфере образования, или органами местного самоуправления, осуществляющими полномочия в сфере образования.