В настоящее время в огромной сети подразделений МГПУ, занимающихся научной деятельностью, достойное местно занимают 33 научные школы. Классическим объяснением понятия «научная школа» является наличие триады: учитель (известный ученый) - ученики (доктора или кандидаты наук) - ученики учеников, нацеленные на решение одной или родственных по содержанию проблем.

Однако возникновение и развитие научного направления в различных областях знания, непосредственно связанных с решением актуальных и перспективных задач, обеспеченное квалифицированными специалистами, также на полном основании считается «научной школой».

Исследования, выполняемые представителями научных школ, которые принадлежат и к первому, и ко второму видению, имеют большое теоретическое и практическое значение. Они расширяют научные представления об общих и специфических закономерностях в области математики, социальной философии, социологии и философии образования. Полученные результаты используются в языкознании, психологии и педагогике, теории и методике обучения различным предметам, находят широкое применение в консультативной и профилактической работе специалистов коррекционной педагогики и т.д.

Руководителем одной из востребованных научных школ является известный педагог-психолог, академик РАО, доктор психологических наук профессор Шалва Александрович Амонашвили - научный руководитель лаборатории гуманной педагогики МГПУ. Ученики основателя школы защитили докторские диссертации и имеют своих защищенных аспирантов не только в России, но и в Белоруссии, Эстонии, Литве, Украине.

Всего научными школами МГПУ за последние 5 лет подготовлено и защищено свыше 200 докторских и кандидатских диссертаций, издано более 250 монографий по направлениям научных школ, не говоря о статьях и других публикациях.