Государственная поддержка вузов стала важным направлением приоритетного нацпроекта «Образование», так как высшей школе нужны были ускоренная модернизация, внедрение качественно усовершенствованных образовательных программ, интеграция образования и науки, формирование новых финансовых и управленческих механизмов, но на свои малые средства даже лучшие российские вузы осилить всю эту работу не могли. Этому способствовал нацпроект, в рамках которого вузы могли участвовать в открытом творческом конкурсе и представлять свои инновационные образовательные программы. Реализация и внедрение этих программ рассчитаны на два года. Вузы, чьи инновационные образовательные программы побеждали в конкурсе, получали из федерального бюджета господдержку в объеме от 20 до 1000 миллионов рублей. Объем финансирования из федерального бюджета составлял 5 миллиардов рублей в 2006 году, 15 миллиардов рублей в 2007 году и 20 миллиардов рублей в 2008 году. Победителям конкурса оказывается господдержка путем предоставления субсидий. Они выделяются для приобретения лабораторного оборудования, разработки и приобретения программного и методического обеспечения, модернизации материально-технической учебной базы, повышения квалификации и профессиональной переподготовки научно-педагогического и другого персонала вуза.

Поданные на конкурс заявки обычно проходят экспертизу специально привлеченными сторонними экспертами. Экспертиза предлагаемых проектов осуществляется на основе двух основных критериев: анализа качества представленной вузом инновационной образовательной программы и оценки состояния инновационного потенциала вуза.

Открывая заседание комиссии, Николай Булаев отметил, что 17 вузов уже завершили выполнение проектов и комиссии нужно оценить итоги, а также рассмотреть ход выполнения проекта следующими 4 вузами-победителями, оценив возможность продолжения ими работы на следующем этапе. Вузовские инновационные программы, сказал Булаев, имеют важное стратегическое значение, но вузы сделали только первый шаг - создали задел для выполнения своих программ развития, сформировав соответствующую базу. Сегодня не может не волновать то, как они будут использовать приобретенное оборудование, получат ли тут высокую эффективность. Ведь начиная этот проект, государство совершенно точно понимало, что оно создает основы для развития не только конкретного вуза, но и основы развития всей системы высшего образования России, что все это позволит сделать площадки вузов-победителей открытыми для тех, кто хотел бы получить образование высокого современного уровня. Понятно, государству хочется, чтобы все приобретенное 57 инновационными вузами получило свое развитие и дальше. Естественно, каждый ректор, отметил Булаев, задает себе вопрос о том, что будет дальше с этим оборудованием, каким образом он сможет его содержать и обновлять. По мнению Булаева, дискуссия по всем этим вопросам обязательна для того, чтобы государство и профессиональное вузовское сообщество понимали: выделенные 30 миллиардов рублей - не деньги на один год, а деньги, которые должны работать на перспективу. Понятно, что допустима коммерциализация, заметил Николай Иванович, понятно, что будет внебюджетная деятельность, но можно ли только этим компенсировать то, что потребует содержание этого оборудования? Поэтому Булаев посчитал разговор на конкурсной комиссии поводом для обсуждения многих тем. Глава Рособразования отметил, что ни в конкурсную комиссию, ни в вузы пока не поступило серьезных замечаний со стороны контролирующих органов, и это говорит прежде всего о том, что работа, организованная Министерством образования и науки РФ, операторами, другими структурами, была выполнена качественно. Общество пока не предъявило серьезных претензий, не предъявляет их и само вузовское сообщество. То есть нет претензий к прозрачности конкурсных процедур, а следовательно, та модель, по которой он проходил, может быть транслирована и на другие, возможно, похожие конкурсы. На вопрос о перспективах Булаев заметил, что многое зависит от того, как общество и государство оценит эффективность того, что будут вузы делать в ближайшие годы. Со специальными докладами на эту тему выступил ответственный секретарь комиссии, заместитель руководителя Рособразования Евгений Бутко. Сразу скажу, что, обсуждая итоги работы 40 вузов за прошедший год, члены конкурсной комиссии весьма критично отнеслись и к процессу переоформления некоторых документов, и к тому, что некоторые вузы-победители чрезвычайно медлили с выделением софинансирования, проведением конкурсов на приобретение оборудования и даже предложили отказать в дальнейшем финансировании двум вузам из 40. Но в результате такое решение не было принято, ведь большинство членов конкурсной комиссии знали, с каким опозданием перечисляли деньги вузам-победителям и как по этой причине затягивались сроки проведения тендеров и конкурсов. Но основной темой обсуждения стали все же итоги работы за два года 17 вузов, которые одержали победу на первом этапе нацпроекта.

Как известно, первый конкурс инновационных образовательных программ вузов состоялся в апреле - мае 2006 года. Двести вузов, представляющих все федеральные округа, тогда подали заявки на участие в конкурсе, после чего были определены финалисты - 28 инновационных образовательных программ. На основе детального анализа конкурсных заявок финалистов в ходе тайного голосования члены конкурсной комиссии выбрали 17 высших учебных заведений, представляющих классические, технические и экономические университеты, медицинские и сельскохозяйственные вузы. Победители конкурса получили поддержку из средств госбюджета в объеме 10 миллиардов рублей на реализацию своих инновационных образовательных программ в 2006-2007 годах.

1 декабря 2006 года был объявлен второй конкурс инновационных вузовских образовательных программ. Он проходил в январе - феврале 2007 года. В ходе конкурса было подано 267 заявок вузов, в конкурсе приняли участие вузы 13 типов из всех федеральных округов. 20 февраля 2007 года на заседании конкурсной комиссии был определен 71 вуз-финалист и на основе детального анализа конкурсных заявок в ходе тайного голосования были определены 40 инновационных образовательных программ, которые и получают нынче поддержку из федерального бюджета.

Благодаря реализации этого направления нацпроекта «Образование» в 2006 году, как отметил Евгений Бутко, была проведена существенная модернизация более 300 лабораторий во всех 17 вузах-победителях первого конкурса, около 2000 преподавателей приняли участие в программах повышения квалификации и стажировках, было закуплено уникальное оборудование. В частности, был приобретен суперкомпьютер для Томского государственного университета, оборудование для виртуальной лаборатории клинической практики Московской медицинской академии, запущен многофунциональный нанотехнологический комплекс «Нанофаб-5» в Московском государственном институте электронной техники, оборудованы 3 полигона для проведения полевых практик в Санкт-Петербургском государственном горном институте, создан Центр компетенции в области высокопроизводительных вычислений в Нижегородском государственном университете, приобретен мощный уникальный вычислитель в Московском государственном университете имени М.В.Ломоносова.

Кроме того, дополнительно к 5 миллиардам рублей средств федерального бюджета вузы привлекли 1,4 миллиарда рублей в качестве софинансирования, причем большая часть средств была направлена на модернизацию материально-технической учебной базы вузов.