Учебное заведение образовано 30 ноября 1923 г., через два месяца отметит 80-летний юбилей. За эти десятилетия оно прошло ступени становления от Высшей пограничной школы до ведущего вуза Пограничной службы. Академия, которую сегодня возглавляет генерал-полковник Виктор Земцов, первой среди «силовых» вузов получила право на Государственный образовательный стандарт высшего специального профессионального образования, имеет государственную лицензию и аккредитацию Министерства образования РФ. В ее стенах подготовлено более 35 тысяч высококвалифицированных специалистов с высшим образованием. В текущем году на первый курс Пограничной академии ФСБ зачислено 250 слушателей.

Учеба длится очно 3 и заочно 4 года. Подготовка офицерских кадров осуществляется с квалификацией «специалист управления», с профилем командной, педагогической, кадровой, оперативной служебной деятельности, пограничного контроля, переводческой работы в сфере профессиональной коммуникации. По индивидуальным профессиональным образовательным программам проводится подготовка помощников глав администраций регионов и муниципальных образований, занимающихся пограничной тематикой.

А кроме традиционного для себя профиля подготовки специалистов 3 года назад руководство академии взяло на себя обязательство набирать небольшие группы школьников на так называемый Мужской экспериментальный факультет. Он создан на основе договора академии, Московского агроинженерного университета и регионального благотворительного общественного фонда «Гуманизм, Жертвенность, Интеллект, Любовь, Культура, Академичность» (президент Валентина Шацкова).

Основная цель шефства пограничников над юношами в стенах академии - военно-патриотическое воспитание и начальная военная подготовка. Все парни из Мужского факультета, пройдя соответствующий курс подготовки, без экзаменов зачисляются в Московский агроинженерный университет и обучаются по специализациям: «прикладная информатика в менеджменте», «управление международными автоперевозками». После шести лет учебы (включая и этап в Пограничной академии), выпускники университета защищают дипломы о высшем образовании с квалификацией «информатик-менеджер». Кроме того, они становятся лейтенантами запаса - специалистами по эксплуатации автомобильного транспорта.

Юноши на начальном этапе получают знания программы гуманитарного цикла общего среднего образования. Им предстоят знакомство с дипломатической этикой, углубленное изучение иностранного языка, курс повышенного уровня физического развития, приобретение навыков огневой подготовки, рукопашного боя.

Всего на Мужском экспериментальном факультете сегодня проходят обучение и воспитание 78 юношей, на первом курсе университета - 19, на втором - 24. Эксперимент, по мнению руководства Пограничной академии, проходит успешно.