Главные цели создаваемой комиссии - совместные исторические исследования, организация научных конференций и «круглых столов» с участием независимых экспертов из других стран, проведение семинаров для молодых историков России и Литвы. Особое внимание предполагается уделять школьным учебникам истории. По итогам работы комиссии будут изданы рекомендации для издательств и авторов о том, какой исторический материал использовать при написании учебников.

Как заметил Альвидас Никжентайтис, «совместными усилиями мы сможем решить самые сложные проблемы, связанные с интерпретацией нашей совместной истории. Комиссия может стать таким инструментом, который позволит нашим детям понять нашу историю, не только обвинять друг друга, но и выявлять позитивные стороны».